大丈夫？泣き止まないのも辛いよね。鳴き声って聞き続けるだけでもメンタル削られるからね。
いま2歳のこかな？？
特に熱や痛がる様子がない、のであれば落ち着くまでそばにいて上げるで大丈夫だと思います。
誰かそばにいてくれる大人はいますか？一人で何でも抱える事は良くないから、少し1人の時間をとってね。あまりにも泣き止まない頻度が高い場合はかかりつけ医や子育てセンター保健士に相談してみてもいいかも！

おはようございます
解決案ではありませんが、お子さんの行動で上の子供とヒットしているところを参考までに理由を書けたらと思います
① 朝起きれない
朝早く起きると遊べるといった利点をぶら下げてもきちんと目が覚めるまで３０分ほどはかかる子供なので、早めに起こしてリビングでごろごろさせながら料理を作っている音などでゆっくり目を覚ますように刺激を与えていました
また３年の後半になると体内時計がしっかりしたのか、ある程度の時間に休みの日でも起きれるようになったので体の成長も関係するかもとは思います

② 計算については文字を書くということ自体が苦手な子供でした
唐揚げや〇といった記号ならまだしも数字という形もかなり違うものを使って表すこと自体に抵抗あるのは１年生ならまだまだあることだとは思います
ちなみに爪楊枝などを使って机に並べてもだめですかね
宿題になるとだめというのが具体性がないから理解できないのか、文字を書くのが苦手なのか、宿題は全部丸じゃないとみたいな強迫観念みたいなものあるのかなどわかると１つヒントになりそうだなと
学校に電話して普段の授業の様子を聞いてみるのもいいかなと思いました

③ ④について
これについてはうちが発達障碍児で思考が偏りやすいこと、情報処理能力や記憶力が低いというのが原因でなりやすいです
ダメと教えられても忘れてしまう、また固定観念がずれていて、これもだめの中に入る行動かどうかというカテゴライズがあっていない
また情報処理能力が遅く、聞いた話を一生懸命頭で解読しているうちに（聞いた時点は本来は音の羅列であり、それを頭で単語や文章に変換することが必要）
記憶力が弱いので聞いた音が消えてしまうことがあります
返事がない場合その前の単語をかみ砕いている最中で自分が呼ばれている音を解読するところまで至っていないので返事ができない感じです
もし返答がない場合待ってみてもいいかもです
後は短い言葉で端的に伝えることを徹底していくしかないと思います
うちの子供の理由になるのですべて当てはめることができるのかはわかりませんが、意外にこういった考え方があるよというのを知って気が滅入るだけじゃなくて実験みたいにもしかしてこう思ってる？みたいに考えていけると少しは気が楽なんじゃないかとおもって書いてみました
見当違いだったらすみません